Algo raro debe haber pasado en la versión v3.8 que solo pasaron algunas horas para que la v3.9 viera la luz, al parece ha habido un problema con el driver de la AR5212 y cuando el router trabaja en bridge, por lo menos eso dice el changelog oficial.

Hay algunos post en los foros que comenta que la versión del proxy desde la 3.4 en adelante no esta funcionando para cachear .exe, .iso, etc, solo esta cacheando las imagenes. Yo he estado haciendo algunas pruebas y no he tenido ese problema pero es bueno saberlo. 

Por cierto, han agregado muchos mirrors a las descarga. 

What's new in 3.9:
*) bridge could make router busy even without traffic;
*) fixed route redistribution in RIP (bug introduced in 3.8);
*) fixed AR5212 kernel crash on setting change;

Mikrotik Download Routeros