Hace poco me toco tener que formatear algunos discos rígidos en Linux y tuve el inconveniente que los mismos no estaban alineados, por lo consiguiente, si se llegase a formatear así decaería la performance de los mismos.

Al intentar formatearlo obtenía la siguiente leyenda:

This may result in very poor performance, (re)-partitioning suggested.

Luego de buscar las diferentes alternativas que hay para alinearlos encontré la mas simple y rápida de hacerla con Parted.

Los comandos para hacer la alineación son los siguientes:

parted -a opt /dev/sda
(parted) u MiB
(parted) rm 1
(parted) mkpart primary 1 100%

Con lo anterior estaríamos alineando el disco /dev/sda.

Vía: Ubuntu